El Posgrado en Geografía tuvo su origen en la reforma universitaria de 1969. Derivó, por lo tanto, del conjunto de reformas que el Gobierno Militar implementó en el sector educacional del País, producto del Informe Atcon y de los Acuerdos MEC/USAID. Dichas reformas significaron la implementación, a nivel nacional, de un "Sistema de Posgrado, concebido como selectivo y destinado a la formación de docentes para la educación superior y de investigadores de alto nivel".

Esta reforma rompió el proceso de titulación académica creado desde la fundación de la Universidad de São Paulo, en la década de 1930. Después de la formación de las primeras clases de estudiantes, se instituyó el proceso de titulación académica. En esa época, los que tenían tesis originales se inscribían para defenderlas incluso sin tutor (décadas de 1940 y 1950).

Todavía en la década de 1940, cinco profesores alcanzaron el grado de doctor, entre ellos: Ary França ("Estudio sobre el clima de la cuenca paulista"); Nice Lecoq Muller ("Sitios y sitiadores"); João Dias da Silveira ("Estudio geográfico de las estribaciones occidentales de la Mantiqueira") y Renato Silveira Mendes ("Paisajes culturales de la Baixada Fluminense").

En 1946, se creó oficialmente el Departamento de Geografía con los primeros profesores con la colaboración de profesores franceses.

En la década de 1950, marcada por la separación de los cursos de Historia y Geografía, hubo tres doctores: Elina de Oliveira Santos bajo la dirección de João Dias da Silveira, José Ribeiro de Araújo Filho y Aziz Ab'Saber bajo la supervisión de Aroldo de Azevedo.

En la década de 1960, tres geógrafos alcanzaron el título de Doctor: Pasquale Petrone, orientado por Ary França, Antonio Rocha Penteado orientado por Aroldo de Azevedo y Carlos Augusto Figueiredo Monteiro, orientado por Aziz Ab'Saber. En esta época se completó la formación del cuerpo docente que, junto con otros profesores en el inicio de la década de 1970, sería responsable por la implementación de las dos áreas de concentración de los Posgrados en Geografía Física y Geografía Humana en la USP.

Nuevos investigadores, nuevas visiones de mundo, nuevas metodologías estimularon la ciencia geográfica, iniciando un movimiento que, en la década siguiente, conquistaría todo el país.